クアッドフリーセルではゲーム中はマウスによる操作とキーボード（あるいはテンキー）での操作を同時にサポートしています。キーボード操作の場合はマウス操作を排除する設定もコンフィグから設定可能です。マウス操作は左クリックと右クリックを多用しますが、右クリック動作についてはコンフィグからカスタムも可能です。